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Die Vorstellung von iTunes 6.0 wirkt sich wie jedes iTunes-Update auch auf verschiedene 3rd-Party-Programme aus:

• iPod.iTunes (Mac)
  Die Shareware synchronisiert Songs und Playlists zwischen iPod und Rechner und ist in Verision 2.9.1 kompatibel mit iTunes 6.0.
• iFill (Mac + Win)
  Der Webradio-Recorder von Griffin sollte für Mac in der aktuellen Version 1.08 schon kompatibel mit dem neuen iTunes sein, Win-User müssen sich noch ein paar Tage gedulden.
• Probleme mit Hymn
  Hymn ist seit dem Update auf iTunes 6.0 nicht mehr in der Lage, das DRM von im iTunes Music Store gekauften Songs zu entfernen. Wer dieses Tool also benutzt, muss sich entweder das Update auf die neue iTunes-Version verkneifen, oder auf unbestimte Zeit ohne die Software auskommen..